Το e-ΠαλΜ περιλαμβάνει και παιχνίδια! Το έργο και συγκεκριμένα η επιστημονική ομάδα του μουσείου, υιοθετώντας την άποψη ότι τα παιχνίδια αποτελούν ένα ισχυρό εκπαιδευτικό εργαλείο, ανέπτυξε ένα σύνολο παιχνιδιών που ικανοποιεί μικρότερες αλλά και μεγαλύτερες ηλικίες.
Μεταξύ των εκπαιδευτικών παιχνιδιών που έχουν ήδη αναπτυχθεί είναι σταυρόλεξα, κρυπτόλεξα, παζλ, «ποιος θέλει να γίνει παλαιοντολόγος», «ξεχώρισε τα κόκαλα της ανασκαφής και συναρμολόγησε το σκελετό» και πολλά άλλα. Τα παιχνίδια καλύπτουν όλες τις θεματικές ενότητες του μουσείου και υπάρχουν τουλάχιστον δύο διαθέσιμα παιχνίδια ανά ενότητα που καλύπτουν τις δύο ηλικιακές ομάδες (8-12 ετών ή 13+).